Bij kruising van individuen treden soms onverwachte fenotypes op. Dat treedt bijvoorbeeld op bij twee hoenderrassen: het R-white ras, dat – zoals de naam al zegt – witte vleugels heeft, en de zijdehoenders, die eveneens wit zijn. Onderlinge paring brengt altijd witte hoenders voort. De kleur wordt bepaald door twee allelen, namelijk C en R. Het ene ras heeft genotype CCrr, het andere ras ccRR. Bij kruising van deze rassen krijgen de nakomelingen dan genotype CcRr. Deze nakomelingen blijken opeens wel gekleurd te zijn.
Blijkbaar komt de kleur alleen tot uiting als zowel het dominante allel C als het dominante allel R aanwezig zijn. In de praktijk blijkt dat een dominant allel C voor kleur zorgt, mits ook het dominante allel R aanwezig is. Dit verschijnsel heet cryptomerie: een fenotype (in dit geval bepaald door C) komt alleen tot uiting in aanwezigheid van een andere factor (in dit geval R). Cryptomerie kan leiden tot onvoorspelbare F2-generaties, die niet lijkt op de ouders zoals je zou verwachten.
Een ander, hierop lijkend verschijnsel, is epistasie (letterlijk: overschaduwen). In dit geval kan één allel een ander gen overschaduwen. Een voorbeeld is albinisme. De kleur van de vacht van muizen wordt door twee genen bepaald. Allelen G en g bepalen of de vacht grijs is of zwart (GG en Gg zijn grijskleurig, gg is zwart). Dit geldt echter alleen als het allel K (voor pigment) aanwezig is. Als het individu homozygoot recessief is voor pigment (dus kk), is de muis altijd een albino. Zo overschaduwt kk altijd het gen voor vachtkleur.
dus:
GGKk, GGKK, GgKk en GgKK zijn grijs
ggKk en ggKK zijn zwart
ggkk, Ggkk en GGkk zijn albino.
